Bereits die Kelten sollen auf dem Turmhubel in Gutenburg eine heilige Stätte unter Eichenbäumen errichtet haben. Im 12. Jahrhundert wurde ein Wehrturm durch das Kloster St. Gallen errichtet. Später wurde dieser zu einer Burg ausgebaut. Ums 13. und 14. Jahrhundert verweilten die Freiherren von Utzingen auf der Burg. Diese wurde um das Jahr 1300 von Solothurnern belagert. Im Jahr 1370 kauften die Herzöge von Österreich-Habsburg die Herrschaft Gutenburg und übergaben sie Freiherr Walter von Grünenberg. 1431 ging diese in den Besitz der Stadt Burgdorf über. Die Burgdorfer liessen diese zerfallen. 1662 war die Burg bereits eine Ruine. Im Jahre 1800 verkauften die Burgdorfer die Steine der Gutenburg den Bauern von Kleindietwil, die sie zum Bau einer Mühle verwendeten.

Historiker Fritz Junker hat die Geschichte um die Gutenburg in einem Büchlein ausgeführt. Dieses kann kostenlos bei der Gemeindeschreiberei Madiswil bezogen werden.